Da un'antica pergamena, risalente al 922, si scopre che fu la chiesa di Santa Maria "sita in monte Vellate" a dare il nome al Sacro MOnte di Varese.
La zona divenne presumibilmente in epoca romana una roccaforte militare, mantenendo per lunghi secoli tale prerogativa. Tuttavia, nonostante la sua primitiva funzione, da più di mille anni il sacro monte rappresenta un luogo sacro per tutte le genti lombarde e molti sono i richiami storico-religiosi ad esso legati.
A cominciare da IV secolo, epoca in cui Sant'Ambrogio posò il primo altare sulla cima del monte, a ricordo e ringraziamento della vittoria ivi riportata sugli ariani.
Narra la leggenda che fu Sant'Ambrogio a donare il simulacro ligneo della Madonna Nera (attribuita dalla tradizione a S.Luca) al piccolo oratorio in costruzione.
Durante il medioevo le antiche strutture fortificate conservarono la loro funzione di rocca militare stretta intorno alla chiesa.
Il piccolo borgo di S.Maria del Monte venne ritenuto, fin quasi al 1300, fra le zone fortificate più importanti del Contado del Seprio e l'Arciprete del Sacro Monte era spesso interprete del volere politico dei signori del Seprio.
Solo successivamente andò evidenziandosi l'aspetto religioso del luogo che, col tempo, divenne un centro di intensa vita spirituale.
Tale ormai era divenuta la fama del monte che, intorno alla prima metà del secolo XV, gruppi di anacoreti si stabilirono sul monte per vivere una vita di preghiera e sacrificio.
Sorsero così i primi romitaggi, finchè, nel 1452, la Beata Caterina Moriggia di Pallanza si ritirò a vita monastica nei pressi della chiesa, ben presto imitata da altre compagne: la prima delle quali fu la beata Giuliana Puricelli da Verghera.
La beata Caterina divenne poi la prima Abbadessa del Monastero eretto nel 1476 secondo la regola di Sant'AMbrogio ad Nemus.
In piena controriforma il monte riacquistò la sua importanza strategica come baluardo contro le eresie provenienti dal nord, per volere di San Carlo Borromeo, arcivescovo di Milano.

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